最終的に、起訴するかどうかの判断を、まずは主任検事が行うものです。
検察庁は組織で動いていますから、主任検事の判断だけで決めるわけではなく、東京地検のような大規模地検であれば、主任検事→副部長→部長→次席検事→検事正と決裁され、事件によっては高検、最高検の指揮を受けることもあります。
最近はうまく機能しなくなっているようですが、伝統的に、検察庁の事件決裁は、決裁官は起訴につき慎重に、謙抑的に、というもので、起訴で決裁に上げても、上記のような決裁ルートを経る中で、問題点が指摘され、当初案より罪名や選択刑を軽くして処分を決めたり、不起訴にする、ということは結構あります。
起訴状に主任検事が署名するのは、そのような重大な責任の所在を明らかにするものでもあります。
ただ、こういった、あるべき姿がなかなか貫徹できないタイプの事件もあって、例えば税金事件、特捜事件といったものはそのカテゴリに入るでしょう。