元理研職員Ａ氏がこう告発する。
「理研の研究者は大学教授と比べると、至れり尽くせりです。学生に講義をしなくていいし、研究費は国が潤沢に出してくれる。給料もずっといい。官僚の天下りや出向組は課長クラスからいるが、研究員は『役所とのパイプが太くなる』と喜んでいた。派閥を気にしたり、役人の視察に右往左往したりと、まるで政治家みたいな動きをしている人もいます。金銭感覚もおかしくて、出張の飛行機はビジネスクラス。“半官半民”なので、国民の監視の目は届かないのが問題です」
「理研は０７年にスパコンの設計開発をＮＥＣ、日立、富士通の３社に共同発注しました。これが随意契約だったばかりか、スパコン開発のプロジェクトリーダーは文科省から理研に移った元ＮＥＣ社員。総費用のうち８００億円は、開発費としてメーカーに割り当てられているため、当初から疑問視されているのです」（業界関係者）
