「旧大蔵省出身の藤井さんの起用こそが、官僚主導打破を掲げる民主党政権にはマイナスでした。実際、就任後は予算編成をめぐって、財政規律最優先の財務官僚の意向をくんで、削減ばかり主張してきた。国債発行を断固４４兆円以下にしろと言い張り、満足な景気対策もできなかった。円高容認と受け取られかねない発言をしてマーケットを混乱させたこともある。今回の辞任は、政治主導を進める上で、鳩山政権にとって明らかにブラスですよ」（政治ジャーナリスト）
「これだけ大騒ぎしているのに、結局は形式犯でしか立件できそうにない。一連の報道だけでは、国民には不記載のほかに何か犯罪的行為があるのかどうか、さっぱり分からない。全体像がつかめない妙な事件です。それは検察が最初から小沢をターゲットにして、新聞社の“調査報道”みたいな事実集めをしているだけだからです。小沢のことだから調べれば何か出てくるだろう、という発想ですよ。その捜査情報をメディアにリークして報道させることで、小沢の負のイメージを増殖させ、官僚主導打破を宣言している小沢を牽制し、あわよくば潰そうということでしょう」（政界関係者）
政治評論家の本澤二郎氏がこう嘆く。
「自民党や政官財癒着構造の５５年体制の下で好きなようにやってきた旧勢力は、官僚支配打倒を基本戦略に掲げる小沢・鳩山の民主党政権を潰したくて仕方がない。トップ２人を潰せば、官僚組織や人事に手を突っ込まれずに済む。再び官僚主導の昔の体制に戻せると思い込んでいるのです。だから検察は、政治資金規正法という形式犯で執拗に捜査を続け、その情報をリークする。大マスコミが国民に“小沢はダーティー”というマイナスイメージを植え付ければ、内閣支持率が下がる。政権を危機に追いやろうという旧勢力の意図がうかがえます」
予算編成をめぐる姿勢も不評だった。就任前には「財源はいくらでもある」と大見えを切っていたくせに、就任後はすっかり財務官僚に取り込まれた。
