ここでいう「主権」とは国政のあり方を最終的に決定することを意味する。
「人民主権ないし国民主権」は、17〜18世紀にかけて、社会契約説の概念を背景に、ロック、ルソーによって発展させられた概念である。「人民」と「国民」は、peuple プープルとnation ナシオン（フランス語表記。英語ではpeopleとnation）という対立的な概念として図式化されることもある。
英国では「国会主権」がとられているが、政治的主権は市民が有するとされている。
主権概念と結びついた近代的な意味での「人民主権ないし国民主権」の概念は、17〜18世紀にかけて、社会契約説の概念を背景に、ロック、ルソーによって発展させられた概念である。ロックとルソーの人民主権は相当に内容が異なり、ロック流の人民主権論は、アメリカ合衆国憲法に、ルソー流の人民主権論は、フランス革命に影響を与えたとされているが、当時は、民主政の概念とは区別され、必ずしも民主政と結びつく概念ではなく、逆に、君主政、貴族政とも結びつき得る概念であるとされていた。
フランス革命の際、エマニュエル＝ジョゼフ・シエイエスは、プープル主権論（souveraineté du peuple）を採用しつつも直接民主制を肯定するルソーのプープル主権論を批判して、主権と国家の統治組織を創設する憲法制定権力（制憲権）を区別した上で、主権は人民のみが有し、制憲権を有するのは主権者のみであるが、制憲権によって創設された組織上の権力を行使する者は必ずしも人民ではないとして、代表民主制を直接民主制よりも優れた制度であるとした。1791年憲法は、シェイエスの理論に忠実に、代表制と制限選挙制を採用したが、主権はナシオンに属するとした。このようにナシオン主権論(souveraineté nationale)は歴史的には君主主権とプープル主権論の双方を否定するために、発展した概念であった。
ナシオン主権論とプープル主権論の二者の図式的に対立させたのは、第三共和制下におけるレイモン・カレ・ド・マルベールであり、初めてナシオンとプープルの違いを意識的に区別して、プープル主権を体現したのが1793年憲法であるとした。ナシオン主権論によれば、主権者たる「国民」の意思は抽象的にしか存在しえず、これは自由委任に基づく代表者による討論の中で再現されるので、純粋代表制が要請される。また、制限選挙制と結びつくのは、抽象的な国民の意思を再現すべき自由委任に基づく代表者の選出には、一定の能力が必要とされると考えられるからである。プープル主権論によれば、主権者たる「人民」の意思は、現に存在する人々の具体的な意思であり、直接民主制によって具体的に表される。また、プープル主権は普通選挙制と密接に結びつくが、それは全国民からあまねく意思を吸い上げることで、具体的な国民の意思が表れると考えられるからである。
日本では、1874年から始まる自由民権運動が広がりを見せ主権在民が唱えられたことがあるが、明治十四年の政変によって、1889年、プロイセン憲法を参考にした明治憲法を制定し主権という記述は取り入れられなかった。その後、主権の所在問題を回避する民本主義や国家権力の源泉としての主権を国家に帰属させた天皇機関説が唱えられ、そのことを誤解或いは批判したした天皇機関説事件が起きたが、1946年に公布された日本国憲法によって「国民主権」がとられることになった。
日本国憲法制定後、まもなく生じた尾高・宮沢論争を経て、国民主権とは、全国民が国家権力を究極的に根拠づけ正当化する権威を有すること（正当性の契機）に尽きるとの宮沢説が伝統的見解となった。この見解は、国民主権を君主主権ないし天皇主権を否定する概念とする一方、他方で、正当性の契機における「国民」は、国家権力の正当化し権威付ける根拠であるから、有権者に限定されず、抽象的な全国民を意味するとする。そして、その権威は国民に由来するが、権力は代表民主制に基づき、「最高機関」である国会が行使すると解した上で、憲法上要請される代表制は、選挙民の意思に拘束されない自由委任を前提とした「政治学的代表」を意味するとする。
以上のような伝統的見解に対しては、現状隠蔽的機能ないし体制イデオロギー的機能を有しており、科学的認識に基づき克服されるべきものと批判して、フランスの学説を参考に、「国民」を「現に存在する人の集団（能動的市民からなる有権者団）」と考えるプープル主権論を主張する見解が現われた。杉原泰雄は、プープル主権論によれば、伝統的な見解は、「国民」を「過去から未来までを通じて存在する、抽象的な人間の集団」と考え、純粋代表制、制限選挙制と密接に結びつくナシオン主権と同視してよく、普通選挙制を採用する日本国憲法に合致しない非民主的な主張と批判されることになる。もっとも、日本国憲法は、明確に代表制を採用しており、プープル主権によっても、直接民主制を採ることはできないので、実在する民意との合致の要請を含む半代表制を要請するものとする[7]。杉原は、エスマン流の半代表制をとりつつ、それを更にルソー流に徹底させて、法律で命令的委任、国会議員のリコール制等の直接民主的制度を定めることも憲法上許容されるとする。このように、プープル主権論によれば、主権は、単なる法的政治的な理念ではなく、国民に国家の意思力そのものが帰属している状態が確保されるように憲法組織が構成されるべきという原理を含んだものと解されるのである。
樋口陽一は、事実と規範の問題を峻別した上で、科学的な事実認識に立つのであれば、日本国憲法が採用するのはプープル主権であり、普通選挙制度はその要請であるとする点については、杉原に賛成しつつも、規範の問題としてはプープル主権の名の下に、命令的委任等の直接民主制的制度の導入を合憲とするのに反対する。プープルの有する制憲権は、一度発動した以上は制度の中に永久凍結されてしまい、過去から未来までを通じて存在する、抽象的な人間の集団である国民が主権を有するという建前に変化したとみて、伝統的見解と結論を同じくする。他方で、代表制については、単なる政治学的代表であるという伝統的見解のイデオロギー性を批判して、半代表制であると解しつつも、なお自由委任の有する重要性は減じていないとしてマルベール流の半代表制をとる。樋口によれば、杉原流のプープル主権論は、かえってその時々の政治権力の行使を正当化する反憲法・人権侵害的なイデオロギー的機能を有することになる。
芦部信喜は、そもそも上記のような特殊フランス的な議論の建て方をする必要はないとする一方、他方で、国民主権は正当性の契機に尽きるとの伝統的見解を前提としつつも、プープル主権論の問題提起を受け止めて理論的に再構築した。それが国民主権は、正当性の契機につきるものではなく、国家の最終的な意思決定を行う権力を行使する権力的契機の二つを含むという見解であり、これはボン基本法におけるドイツの通説と基本的立場を同じくする。この見解は、権力的契機の面における「国民」は有権者団を意味するものと解した上で、権力的契機は国家の最終的な意思決定権力の行使であるから、具体的には国家の最高規範の定立、すなわち、憲法制定権力の行使として表れるが、制憲権の行使を自由に認めることは憲法秩序の不安定化を招くため、制憲権の行使たる憲法制定時に、制憲権自身がその権力を、制度化された制憲権としての憲法改正権として憲法中に封じ込めたと解し、日本国憲法の代表制は、単なる政治学的代表ではなく、国会の意思と実在する民意との事実上の合致の要請を含む「社会学的代表」であるとする。樋口流のプープル主権論に一定の理解を示して半代表と極めて類似した概念をとりつつも、命令委任等の法的拘束力を有する直接民主制的制度の導入は憲法上禁止されていると解する。
日本国憲法については43条に規定があり、明文上は自由委任を原則として代表制をとり、例外的に、憲法改正国民投票（96条）、最高裁判所裁判官の国民審査（79条）などについて、国民投票制度を採用しているが、これら明文に定める以外に国民投票制度を法律で制定することができるかについては解釈上争いがある。
「国会は唯一の立法機関である」(41条)とされていることから、投票の結果に国会が拘束されるという国民投票制度は違憲であるという点にはほぼ異論はないが、その結果を国会が参照にするだけの諮問的な国民投票制度は憲法に反しないかが問題とされる。ナシオン主権論によれば、自由委任・代表制に反することから、このような制度を制定することは、憲法に反するとされるが、プープル主権論によれば、許容されるのみならず、半代表制の要請であると解釈されている。
アメリカ合衆国大統領を務めたジェイムズ・マディソンは「直接民主制においては、弱小の党派や気に入らない個人を切り捨ててしまおうという誘惑を抑えるものは何もない。それゆえに直接民主制国家は混乱し、個人の生命や財産権と両立せず、短命で、その死滅に際しては暴力を伴ってきた」（ザ・フェデラリスト）と述べて、直接民主制における、多数派による少数派の権利の侵害を警戒し間接民主制を擁護した。
左翼共産主義やアナーキスト諸潮流は、議会制度はブルジョアの欺瞞であるとして、選挙への棄権をよびかけ、また議会制度の破壊と労働者階級の直接民主主義（プロレタリア独裁）を主張している。
ジャン・ジャック・ルソーは『社会契約論』でイギリスを例に取り「人民は自由だと思っているが、それは大間違いだ。彼らが自由なのは、議員を選挙する間だけのことで、議員が選ばれるや否や、人民は奴隷となり、無に帰してしまう。その自由な短い期間に、彼らが自由をどう使っているかを見れば、自由を失うのも当然である」と述べた。
